Get an array of environmental data from presence-absence points.
Source:R/env_data_array.R
env_data_array.RdGet an array of environmental data from presence-absence points.
Value
A 3D array of dimensions M (points or cells) × N (time steps) × P (environmental variables). The first dimension has no dimnames; the second is named "time" with layer names from the first raster; the third is named "var" with the names of `env_data`.
Examples
bio1_ts <- terra::unwrap(example_1$bio01)
bio12_ts <- terra::unwrap(example_1$bio12)
env_data <- list(bio1 = bio1_ts, bio12 = bio12_ts)
occ <- example_1$occ_df[1:5, ]
# Return array correspoding to each presence absence provided
env_data_array(env_data, occ)
#> , , var = bio1
#>
#> time
#> lyr.1 lyr.2 lyr.3 lyr.4 lyr.5 lyr.6 lyr.7 lyr.8 lyr.9 lyr.10 lyr.11
#> [1,] 1018 1036 896 901 906 899 941 859 897 1053 915
#> [2,] 1167 1168 1019 1033 968 995 1033 967 1030 1131 1050
#> [3,] 1086 1108 969 966 943 977 1001 897 995 1053 1012
#> [4,] 1019 1041 864 884 851 898 937 848 896 1011 867
#> [5,] 892 894 780 760 730 740 790 704 752 911 763
#> time
#> lyr.12 lyr.13 lyr.14 lyr.15 lyr.16 lyr.17 lyr.18 lyr.19 lyr.20 lyr.21
#> [1,] 852 836 920 1001 1029 1026 849 838 957 1011
#> [2,] 1021 986 1017 1128 1131 1113 882 1008 1057 1091
#> [3,] 989 974 969 1062 1058 1060 817 994 1007 1042
#> [4,] 838 837 902 966 991 1029 857 852 933 988
#> [5,] 695 661 762 857 868 881 683 729 793 827
#> time
#> lyr.22 lyr.23 lyr.24 lyr.25 lyr.26 lyr.27 lyr.28 lyr.29 lyr.30 lyr.31
#> [1,] 914 951 1012 880 1002 969 926 885 916 884
#> [2,] 1028 1058 1133 974 1072 1068 1010 999 1056 1018
#> [3,] 959 985 1092 910 1025 1031 945 971 1011 989
#> [4,] 934 972 996 897 977 951 927 867 875 852
#> [5,] 767 804 882 736 840 810 762 756 788 767
#> time
#> lyr.32 lyr.33 lyr.34 lyr.35 lyr.36 lyr.37 lyr.38 lyr.39
#> [1,] 898 1010 841 953 899 911 1019 975
#> [2,] 1056 1153 979 1031 1015 1059 1117 1076
#> [3,] 1017 1107 941 970 965 997 1065 1011
#> [4,] 866 1031 790 932 881 902 993 977
#> [5,] 769 871 698 805 750 684 872 862
#>
#> , , var = bio12
#>
#> time
#> lyr.1 lyr.2 lyr.3 lyr.4 lyr.5 lyr.6 lyr.7 lyr.8 lyr.9 lyr.10 lyr.11
#> [1,] 262 312 387 414 381 352 435 391 314 198 408
#> [2,] 268 369 357 365 475 521 542 334 454 261 408
#> [3,] 299 405 459 316 472 567 620 527 494 332 505
#> [4,] 280 319 350 368 354 316 305 262 421 114 339
#> [5,] 215 288 260 372 301 384 448 325 510 264 542
#> time
#> lyr.12 lyr.13 lyr.14 lyr.15 lyr.16 lyr.17 lyr.18 lyr.19 lyr.20 lyr.21
#> [1,] 346 392 416 407 310 375 481 435 313 316
#> [2,] 490 332 377 442 293 434 583 423 361 391
#> [3,] 529 352 490 557 443 480 662 497 599 494
#> [4,] 224 287 143 204 257 151 283 193 418 136
#> [5,] 412 416 326 484 256 355 560 390 471 345
#> time
#> lyr.22 lyr.23 lyr.24 lyr.25 lyr.26 lyr.27 lyr.28 lyr.29 lyr.30 lyr.31
#> [1,] 340 357 265 303 340 423 378 372 297 395
#> [2,] 318 321 235 462 369 444 354 413 337 407
#> [3,] 402 368 264 562 483 489 469 459 397 492
#> [4,] 62 91 274 307 243 186 265 213 137 383
#> [5,] 286 303 282 369 360 475 398 304 347 423
#> time
#> lyr.32 lyr.33 lyr.34 lyr.35 lyr.36 lyr.37 lyr.38 lyr.39
#> [1,] 532 249 349 248 506 387 289 331
#> [2,] 266 236 467 378 579 390 422 433
#> [3,] 272 219 448 354 781 387 577 471
#> [4,] 388 161 363 243 625 333 300 230
#> [5,] 390 242 305 279 601 336 300 275
#>
# Return all the environmental in the rasters
env_data_array(env_data, occ)
#> , , var = bio1
#>
#> time
#> lyr.1 lyr.2 lyr.3 lyr.4 lyr.5 lyr.6 lyr.7 lyr.8 lyr.9 lyr.10 lyr.11
#> [1,] 1018 1036 896 901 906 899 941 859 897 1053 915
#> [2,] 1167 1168 1019 1033 968 995 1033 967 1030 1131 1050
#> [3,] 1086 1108 969 966 943 977 1001 897 995 1053 1012
#> [4,] 1019 1041 864 884 851 898 937 848 896 1011 867
#> [5,] 892 894 780 760 730 740 790 704 752 911 763
#> time
#> lyr.12 lyr.13 lyr.14 lyr.15 lyr.16 lyr.17 lyr.18 lyr.19 lyr.20 lyr.21
#> [1,] 852 836 920 1001 1029 1026 849 838 957 1011
#> [2,] 1021 986 1017 1128 1131 1113 882 1008 1057 1091
#> [3,] 989 974 969 1062 1058 1060 817 994 1007 1042
#> [4,] 838 837 902 966 991 1029 857 852 933 988
#> [5,] 695 661 762 857 868 881 683 729 793 827
#> time
#> lyr.22 lyr.23 lyr.24 lyr.25 lyr.26 lyr.27 lyr.28 lyr.29 lyr.30 lyr.31
#> [1,] 914 951 1012 880 1002 969 926 885 916 884
#> [2,] 1028 1058 1133 974 1072 1068 1010 999 1056 1018
#> [3,] 959 985 1092 910 1025 1031 945 971 1011 989
#> [4,] 934 972 996 897 977 951 927 867 875 852
#> [5,] 767 804 882 736 840 810 762 756 788 767
#> time
#> lyr.32 lyr.33 lyr.34 lyr.35 lyr.36 lyr.37 lyr.38 lyr.39
#> [1,] 898 1010 841 953 899 911 1019 975
#> [2,] 1056 1153 979 1031 1015 1059 1117 1076
#> [3,] 1017 1107 941 970 965 997 1065 1011
#> [4,] 866 1031 790 932 881 902 993 977
#> [5,] 769 871 698 805 750 684 872 862
#>
#> , , var = bio12
#>
#> time
#> lyr.1 lyr.2 lyr.3 lyr.4 lyr.5 lyr.6 lyr.7 lyr.8 lyr.9 lyr.10 lyr.11
#> [1,] 262 312 387 414 381 352 435 391 314 198 408
#> [2,] 268 369 357 365 475 521 542 334 454 261 408
#> [3,] 299 405 459 316 472 567 620 527 494 332 505
#> [4,] 280 319 350 368 354 316 305 262 421 114 339
#> [5,] 215 288 260 372 301 384 448 325 510 264 542
#> time
#> lyr.12 lyr.13 lyr.14 lyr.15 lyr.16 lyr.17 lyr.18 lyr.19 lyr.20 lyr.21
#> [1,] 346 392 416 407 310 375 481 435 313 316
#> [2,] 490 332 377 442 293 434 583 423 361 391
#> [3,] 529 352 490 557 443 480 662 497 599 494
#> [4,] 224 287 143 204 257 151 283 193 418 136
#> [5,] 412 416 326 484 256 355 560 390 471 345
#> time
#> lyr.22 lyr.23 lyr.24 lyr.25 lyr.26 lyr.27 lyr.28 lyr.29 lyr.30 lyr.31
#> [1,] 340 357 265 303 340 423 378 372 297 395
#> [2,] 318 321 235 462 369 444 354 413 337 407
#> [3,] 402 368 264 562 483 489 469 459 397 492
#> [4,] 62 91 274 307 243 186 265 213 137 383
#> [5,] 286 303 282 369 360 475 398 304 347 423
#> time
#> lyr.32 lyr.33 lyr.34 lyr.35 lyr.36 lyr.37 lyr.38 lyr.39
#> [1,] 532 249 349 248 506 387 289 331
#> [2,] 266 236 467 378 579 390 422 433
#> [3,] 272 219 448 354 781 387 577 471
#> [4,] 388 161 363 243 625 333 300 230
#> [5,] 390 242 305 279 601 336 300 275
#>